马场院区定位为"儿科医疗孵化器"，特色专业为急诊、EICU、NICU、PICU，以老专家为核心，开设专家门诊、综合门诊、特需门诊等。在设立普内科、普外科基础上，逐步完善"小儿心血管中心""小儿颅脑神经中心""小儿急救中心""新生儿亲子中心""精准医学实验室"等建制。

龙岩院区定位为"儿科医疗助推器"，以抚育儿科医疗为目标，以罕见病为临床特色，以疑难杂症诊治为医疗重点。特色专业为血液、心理及各新兴亚专业，开设专科门诊、MDT门诊、特需门诊等，进一步细化"儿童健康管理中心""小儿孤独症干预中心""小儿病理诊断会诊中心""小儿血液疾病中心""罕见病诊疗中心""小儿影像诊断中心""小儿检验医学中心"等。

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